Please use this identifier to cite or link to this item:https://hdl.handle.net/20.500.12259/84864
Type of publication: Straipsnis Clarivate Analytics Web of Science ar/ir Scopus / Article in Clarivate Analytics Web of Science or / and Scopus (S1)
Field of Science: Agronomija / Agronomy (A001)
Author(s): Stanys, Vidmantas;Frercks, B;Šikšnianienė, Jūratė Bronė;Stepulaitienė, Inga;Gelvonauskienė, Dalia;Stanienė, Gražina;Bobinas, Česlovas
Title: Identification of sweet cherry (Prunus avium L.) cultivars using AFLP and SSR markers
Other Title: Trešnės (Prunus avium L.) veislių apibūdinimas, naudojant mikrosatelitų ir pagausintų fragmentų ilgio polimorfizmo molekulinius žymeklius
Is part of: Žemdirbystė. Akademija (Kėdainių r.) : Lithuanian Research Centre for Agriculture and Forestry, 2012, T. 99, Nr. 4
Extent: p. 437-444
Date: 2012
Keywords: Veislės identifikavimas;DNR profilis;PPS;PFIP;Cultivars identification;Fingerprinting;SSR;AFLP
Abstract: Naudojant 13 anksčiau publikuotų paprastųjų pasikartojančių sekų (PPS) pradmenų porų ir 9 pagausintų fragmentų ilgio polimorfizmo (PFIP) pradmenų kombinacijas, apibūdinta 19 Lietuvoje sukurtų ir 5 paplitusios trešnės (Prunus avium L.) veislės. Remiantis PPS bei PFIP žymeklių sistemų ir jungtiniais abiejų sistemų duomenimis, buvo sudarytos trys dendrogramos. Palyginus PPS ir PFIP molekulinių žymeklių sistemas nustatyta, kad veislių taisyklingo sugrupavimo tikimybė yra didesnė PFIP molekulinių žymeklių pagrindu sudarytoje dendrogramoje. Didžiausia taisyklingo sugrupavimo tikimybė nustatyta dendrogramoje, sudarytoje panaudojant abiejų žymeklių sistemų jungtinius duomenis, išsamiau apibūdinančius tiriamą genomą. PPS pradmenų poros PCEGA34 ir EMPAS06 leido identifikuoti visas tirtas trešnės veisles. PFIP EcoRI-AC/MseI-CG pradmenų kombinacijos skiriamoji geba buvo didžiausia. Naudojant šios pradmenų kombinacijos generuotus polimorfinius fragmentus buvo identifikuotos visos tirtos veislės. Nustatyta, kad veislių identifikacijai pakanka 23 PFIP fragmentų, generuotų su EcoRI-AC/MseI-CG pradmenų kombinacija ir turinčių didžiausią polimorfizmo informacijos kiekio vertę, kuri svyravo nuo 0,28 iki 0,32. Fragmentų kombinacija ir jų skaičius vienai veislei identifikuoti skyrėsi. Pateikti tirtų veislių molekuliniai profiliai naudojant minimalų PPS ir PFIP žymeklių kiekį, kurio reikia trešnės veislėms identifikuoti
The genetic characterization of 19 Lithuania-bred and 5 common sweet cherry (Prunus avium L.) cultivars using microsatellite (SSR) and amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers is presented. The genetic diversity of sweet cherry cultivars was evaluated using 13 previously published SSR primer pairs and 9 AFLP primer combinations. Based on SSR, AFLP and combined data, three dendrograms were created. Comparison of both marker systems showed that the probability of correct clustering of cultivars in the dendrogram is higher for AFLP markers than for SSR markers. The highest probability of correct clustering of cultivars in the dendrogram was obtained when combined data on fragments obtained using both marker systems was used and this data gives a more comprehensive description of the genome studied. The SSR primer pairs PCEGA34 and EMPAS06 enable identification of the investigated sweet cherry cultivars group. All studied cultivars were identified using polymorphic fragments amplified with AFLP EcoRI-AC/MseI-CG primer combination with the highest resolving power value. It was established that the 23 AFLP fragments, generated with the EcoRI-AC/MseI-CG primer combination and exhibiting the highest polymorphism information content (PIC) values (from 0.28 to 0.32), were sufficient for sweet cherry cultivar identification. Fragments profile and their number required for the identification of an individual cultivar were different. Molecular profiles with minimal number of SSR and AFLP markers necessary for identification of studied sweet cherry cultivars are presented
Internet: http://www.lzi.lt/tomai/99(4)tomas/99_4_tomas_str14.pdf
Affiliation(s): Vytauto Didžiojo universitetas
Žemės ūkio akademija
Appears in Collections:Universiteto mokslo publikacijos / University Research Publications

Files in This Item:
marc.xml11.14 kBXMLView/Open

MARC21 XML metadata

Show full item record
Export via OAI-PMH Interface in XML Formats
Export to Other Non-XML Formats

WEB OF SCIENCETM
Citations 5

7
checked on Jun 2, 2020

Page view(s)

58
checked on Feb 10, 2020

Download(s)

8
checked on Feb 10, 2020

Google ScholarTM

Check


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.