Please use this identifier to cite or link to this item:https://hdl.handle.net/20.500.12259/53859
Type of publication: Straipsnis Clarivate Analytics Web of Science Master Journal List / Article in Clarivate Analytics Web of Science Master Journal List (S2)
Field of Science: Biologija / Biology (N010)
Author(s): Zybartaitė, Lina;Žukauskienė, Judita;Kupčinskienė, Eugenija;Paulauskas, Algimantas
Title: Adoption of RAPD-related methodology for analyses of Hypericum maculatum crantz growing wild in Lithuania
Other Title: Atsitiktiniai pagausintos polimorfinės DNR metodo sąlygų parinkimas Lietuvos keturbriaunės jonažolės populiacijų tyrimams
Is part of: Biologija. Vilnius : Lietuvos mokslų akademijos leidykla, 2011, T. 57, Nr. 3
Extent: p. 115-120
Date: 2011
Keywords: Keturbriaunė jonažolė;Hypericaceae;Polimorfinė DNR;Genetinė įvairovė;Imperforate St John’s wort;Hypericaceae;DNA markers;Genetic diversity
Abstract: Jonažolės genties augalai, paplitę visoje Europoje ir Azijoje, yra vieni dažniausiai pasaulyje naudojamų vaistinių augalų. Antra pagal gausumą Lietuvoje šios genties rūšis – keturbriaunė jonažolė yra mažiau ištirta negu paprastoji jonažolė. Dažniausiai apsiribojama Lietuvos jonažolių morfologiniais ir kai kuriais cheminiais tyrimais. Šio darbo tikslas buvo pritaikyti atsitiktinai pagausintos polimorfinės DNR (APPD) metodo sąlygas keturbriaunės jonažolės Lietuvos populiacijų genetinės įvairovės tyrimams. Didžiausia keturbriaunės jonažolės DNR išeiga buvo gauta panaudojant NucleoSpin Plant II (Macherey-Nagel, Vokietija) rinkinį. Atliekant polimerazinę grandininę reakciją (PGR) išbandyta 14-a dešimties nukleotidų ilgio pradmenų (Biomers.net, Vokietija), iš jų 11 pradmenų (OP-A1, OPA4, OP-A9, OP-B12, OP-B19, OP-C6a, OP-C7a, OP-C11, OP-C19, OPD20, OP-Q11) buvo informatyvūs ir tinkami tolesniems keturbriaunės jonažolės genetinės įvairovės tyrimams, trys atmesti (OP-B13, OP-D19a, OP-Q11). Išbandžius įvairios sudėties PGR mišinius, DNR geriausiai pagausinta naudojant 10 × Taq buferį su KCl ir 15 mM MgCl2 („Fermentas“, Lietuva). Iš 12–15 laipsnių intervale bandytų temperatūrų ir 15–40 ciklų intervale atlikto DNR pagausinimo atrinktos palankiausios DNR pagausinimo sąlygos: pagrindiniam gausinimui naudojama 40 ciklų, pradmenų prikibimui priklausomai nuo pradmens parenkama 32 arba 34 °C temperatūra
Hypericum genus plants are widespread all over Europe and Asia and they are one of the most important world plants used for medicinal purposes. In Lithuania insufficient attention is paid to the second according to the abundance species of Hypericum genus – H. Maculatum L. Till now research of this species was mainly concentrated on morphology and some chemical parameters. The present study aimed at selection of the conditions for random amplification of polymorphic DNA extracted from H. maculatum growing wild in Lithuania. NucleoSpin Plant II (Macherey-Nagel, Germany) as the most efficient kit was selected for DNA extraction from H. maculatum. For polymerase chain reaction (PCR) 14 nucleotide primers (Biomers.net, Germany) were used and OP-A1, OP-A4, OP-A9, OP-B12, OP-B19, OP-C6a, OP-C7a, OP-C11, OP-C19, OP-D20, OP-Q2 were selected for further studies of genetic diversity of populations of H. maculatum (OP-B13, OP-D19a, OP-Q11 were rejected). DNA amplification program with 40 cycles was chosen from 35, 40 and 45 cycles tested. Among two different composition mixes used for PCR, more efficient was the one consisting of: 0.05 U/μl Taq DNA polymerase; 1 × Taq buffer; 1.5 nM MgCl2; 0.2 mM dNTP; 2 μl primer (10 pmol/μl) and 14.55 μl deionised water (Fermentas, Lithuania). For preparation of above mentioned mix 3 different types of Taq buffer were tested: 1 – Taq buffer with KCl; 2 – Taq buffer with (NH4)2SO4; 3 – Taq buffer without detergent. The best results were achieved with the first buffer
Internet: https://doi.org/10.6001/biologija.v57i3.1877
Affiliation(s): Biologijos katedra
Gamtos mokslų fakultetas
Vytauto Didžiojo universitetas
Appears in Collections:Universiteto mokslo publikacijos / University Research Publications

Files in This Item:
marc.xml14.08 kBXMLView/Open

MARC21 XML metadata

Show full item record
Export via OAI-PMH Interface in XML Formats
Export to Other Non-XML Formats

Page view(s)

170
checked on Mar 30, 2020

Download(s)

12
checked on Mar 30, 2020

Google ScholarTM

Check

Altmetric


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.